Sektor za programe prekogranične saradnje obavlja poslove koji se odnose na: koordinaciju procesa analize potreba, izradu programa prekogranične saradnje (susjedskih i transnacionalnih), potvrđivanje projekata, monitoring i izveštavanje o prekograničnim programima saradnje u okviru podrške Evropske unije i njenih država članica, kao i na saradnju sa institucijama, organima i tijelima Evropske unije, zemalja članica Evropske unije i država jugoistočne Evrope na području prekogranične saradnje.

Sektor vrši poslove vezane za stručnu pomoć ministarstvima, drugim državnim organima i organima lokalne samouprava, kao i organizacijama civilnog društva u vezi sa programima prekogranične saradnje; učestvuje u radu zajedničkih struktura za implementaciju programa prekogranične saradnje, koordinira učešće i učestvuje u radu radnih tijela za koordinaciju donatorskih aktivnosti usmjerenih na prekograničnu saradnju, obavlja i druge poslove u djelokrugu rada Ministarstva.

(Član 6. Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji Ministarstva za evropske integracije, Podgorica, 9. jul 2009. god.)